有些肾小管疾病能自愈，有些肾小管疾病不能自愈。能否自愈关键在于引起肾小管损伤的原因和肾损害的程度等。
如果是症状轻微的肾毒性药物所致的肾小管疾病，立即避免损伤因素后可能经过一段时间的休养可以自愈。比较严重的肾小管疾病，如：慢性中毒所致的肾小管疾病或部分急性肾小管疾病，则需要进行治疗，且恢复时间可能在数周或数月，甚至一年不等。
如：遗传性肾病、先天性肾脏病、急性肾损伤等引起的肾小管疾病难以自愈。