多囊肾与肾囊肿是有本质区别的：多囊肾是一种常染色体显性或隐性的遗传性疾病，随着年龄增长，肾脏逐渐被大小不一的囊泡代替，失去正常的结构，逐渐出现肾功能异常，有一部分病人可以伴随高血压，最终发展为尿毒症，进入尿毒症期后则应进行透析。多囊肾没有很好的治疗方式，主要是防止感染、出血、防止碰撞，避免囊肿破裂。
肾囊肿是一种良性病变，可以多发，也可以单发，不影响肾脏的结构，在成人中非常常见，而且随着年龄的增长其发病率会越来越高。大部分情况下对肾脏不会产生影响，只要定期随访即可。