新生儿肺炎不治疗的后果主要是可能会出现呼吸衰竭、心力衰竭、感染性休克、脏器功能损害以及脑膜炎、脑积水，甚至出现死亡等。
新生儿肺炎容易发生重症肺炎，从而出现一系列并发症，尤其是呼吸衰竭以及心力衰竭等。新生儿免疫功能低下，感染不容易被局限，所以容易出现感染性休克以及颅内感染的可能，容易导致脑膜炎。如果是化脓性脑膜炎，容易导致脑积水的发生，甚至还可能出现意识障碍、抽搐以及肢体瘫痪，甚至出现死亡的情况。
新生儿肺炎建议积极进行治疗，可以明显降低发生并发症以及后遗症的概率。