早产儿先天性食道闭锁的治疗是有一定难度的，与病情严重程度有关系。
早产儿先天性食道闭锁一般情况下病情是比较严重的，还可能存在其他部位的畸形，所以一般情况下不好治疗。其疗效取决于不同的解剖分型，部分单纯性的早产儿先天性食道闭锁相对容易治疗。一般是进行手术治疗，而且需要尽早进行手术治疗，可以提高治疗效果，降低发生并发症以及后遗症的概率。
早产儿先天性食道闭锁的表现主要是出生后即出现喂养和呼吸困难，若持续吐奶或吐沫，建议尽早进行影像学检查明确。