巧克力囊肿主要是长在卵巢上的囊肿，因此对于卵巢的排卵功能可能会造成一定的影响，是否会影响怀孕与多种因素有关。
- 如果巧克力囊肿并不是很大，只有1~2厘米，且整个盆腔的状况较好，并没有发生水肿、粘连以及慢性炎症等不适反应时，通常情况下巧克力囊肿可以怀孕。
- 如果巧克力囊肿比较大，且已经影响到正常的排卵功能，并且影响输卵管的拾卵功能，在进行检查时，发现盆腔存在明显的水肿、粘连以及慢性炎症等情况时，则有可能会影响女性的受孕情况。
对于有生育计划者，如果在进行检查时，巧克力囊肿比较大，且已经造成不孕等不良影响时，可在专业医生指导下进行手术治疗，术后还应听从医生指导，尽快安排备孕。