颅缝早闭的诊断金标准是头ct平扫颅骨三维重建。这个检查虽然会使患儿暴露在少量的射线中，并且通常需要药物镇静，但它是颅缝早闭诊断的金标准，对于难以通过外观判断的疑难病例，这个检查是十分必要的。
根据头ct平扫的数据可以通过计算机进行颅骨的三维重建，三维图像除了可以明确体现头颅异常以外，还可以清晰地看到各条颅缝的开闭情况。正常没有闭合的颅缝在重建的ct上可清楚地看到，而早闭的颅缝则看不到。
通过ct检查可以明确颅缝情况及头颅整体形态，头部核磁主要用于排除其他的畸形病变，查看有无脑积水。