甲减依据其严重程度不同，其危害也不同。由于体内甲状腺激素水平降低或出现甲状腺激素抵抗，甲减患者可出现机体代谢水平降低及神经兴奋性下降的临床表现。
病情较轻的患者早期可无明显临床表现，典型病人可出现畏寒、嗜睡、记忆力减退、关节酸痛、便秘、女性月经失调等症状。体格检查可发现患者面色苍黄、表情呆滞、反应迟缓、颜面部黏液性水肿、皮肤温度低、粗糙等，较为特异性的是出现胫前黏液性水肿。
甲减还可累及多器官系统，如累及肺脏也出现胸腔积液，累及心脏可出现心包积液及心力衰竭，重症患者还可累及神经系统，发生黏液性水肿昏迷。