生殖器疱疹的患病原因，就是生殖器上感染了单纯疱疹病毒。
生殖器疱疹是单纯疱疹病毒感染引起的一种具有传染性的疾病，引起生殖器疱疹的病毒包括疱疹病毒1型和疱疹病毒2型，其中比较常见的是疱疹病毒2型。这种病毒可通过性生活接触而直接传染，也可通过接触被病毒污染的贴身物品而间接传染，但是主要的传播途径还是性生活直接传染。
在与正在患生殖器疱疹的患者发生性行为时，患病方病变部位含有高载量病毒的水疱破裂后，疱液中的病毒或糜烂面上的病毒会通过破损的皮肤、黏膜侵入皮肤组织引起感染，从而出现生殖器疱疹的一系列临床症状。