临床上头痛一阵一阵的可以是很多疾病的症状，常见的如紧张过度、颈椎病、三叉神经痛等。
现代人的精神压力通常较大，过度的劳累，过度的紧张以及睡眠时间短，都可能导致头部出现神经血管性头痛，也就是出现头痛一阵一阵的。其可能出现的其他症状有：心慌、头晕和大脑模糊等。
颈椎病的成因常见的有慢性劳损、颈椎的退行性变等，还有一些少见的因素如先天畸形和发育性颈椎椎管狭窄等。其可能出现的症状有：头痛一阵一阵的、颈部麻木、心跳加速或减慢和耳鸣耳聋等。
三叉神经痛的病因尚未完全弄清，通常的观点认为是由于神经损伤、原发性脱髓鞘和精神压力等因素导致的。其可能出现的症状有：头痛一阵一阵的、面部肌肉不自主抽搐、患者不自觉地皱眉、做鬼脸等。
通常情况下，头痛一阵一阵的并不是由一些严重疾病所导致，在得到充分休息后即可大大缓解。但仍然不排除某些病变的可能性，所以一旦察觉病情恶化，建议尽快就医。